Center of Excellence (CoE) merupakan rancangan yang difokuskan untuk melatih kemampuan hard skills dan juga soft skill yang dimiliki oleh mahasiswa dan diharapkan dapat menjadi suatu keunggulan yang kompetitif sebagai modal tambahan untuk bertarung pada dunia persaingan global. Untuk mendukung semboyan UMM "Pasti Lulus Tepat Waktu dan Pasti Bekerja" maka program studi di lingkungan FPP membuat kelas CoE untuk mempercepat kelulusan mahasiswa. Adapun program studi di FPP yang sudah menjalankan kelas CoE adalah sebagai berikut :
| Prodi | Nama Kelas COE |
| Program Studi Peternakan | Kelas Profesional Unggas |
| Kelas Profesional Ruminansia | |
| Program Studi Ilmu Teknologi Pangan | Kelas Profesional Cokelat |
| Kelas Kakao | |
| Program Studi Kehutanan | Essential Oil |
| Program Studi Agroteknologi | Kelas Profesional Industri Benih |
| Program Studi Perikanan | Kelas Profesional Udang |
| Kelas Profesional Koi | |
| Program Studi Agribisnis | Kelas Profesional Ekspor |
